En 1959, M. Hubbard s’installa au manoir de Saint Hill, à East Grinstead, dans le Sussex, où il poursuivit ses recherches, son enseignement et ses conférences sur l’esprit. Parmi les événements marquants du début des années 1960 figurent les premières conférences du cours d’instruction spéciale de Saint Hill, la description du Pont vers la liberté totale de la Scientologie et des étapes graduelles de ce Pont pour atteindre des niveaux de spiritualité de plus en plus élevés.

Afin de pouvoir se consacrer à ses recherches sur les niveaux les plus élevés de réalisation spirituelle de la Scientologie, M. Hubbard démissionna de son poste de directeur général du réseau international des Églises de Scientologie et, en 1967, il partit en mer où il put se consacrer à ses recherches dans un environnement exempt de distraction.

À bord d’un navire de 3 200 tonnes, l’Apollo, M. Hubbard perfectionna les niveaux inférieurs de la Scientologie et poursuivit ses recherches en vue d’atteindre des niveaux spirituels plus élevés. Il commença aussi à chercher des solutions aux problèmes les plus marquants de la société. En 1969, par exemple, il remarqua que la drogue entraînait un déclin spirituel et culturel. Il entama alors son travail sur ce qui deviendrait par la suite son programme de rééducation pour les drogués, le « Hubbard Drug Rehabilitation Program » (programme Hubbard de réhabilitation des drogués). De même, après avoir remarqué l’étendue de l’analphabétisme et le gaspillage qu’entraînait pour la société un système d’éducation défaillant, il commença à mettre au point des méthodes d’étude à usage laïque. Les découvertes de M. Hubbard dans ces domaines sont à l’origine des nombreux programmes d’amélioration pour la communauté qui constituent, depuis, une préoccupation de l’Église à l’échelle mondiale.